Dans ce spinoff de "Détective Conan", une étrange silhouette noire aux projets meurtriers débarque à Beika, ville rongée par le crime.

Shinichi Kudo est un brillant lycéen promis à un grand avenir. Il vit seul car ses parents vivent aux États-Unis, mais il passe beaucoup de temps avec Ran, son amie d'enfance qu'il aime en secret, ou avec le professeur Agasa. C'est un excellent détective, qui a le sens de l'observation et un très bon esprit de déduction, mais un jour, il va se faire surprendre alors qu'il espionnait deux hommes en noir suspects. Ils lui feront alors prendre un médicament censé le tuer, mais qui va le faire rajeunir et il redeviendra un enfant de 6 ans. Coincé dans ce corps, Shinichi se fera alors passer pour Conan Edogawa, neveu du professeur, et se fera "adopter" par Ran dont le père est détective privé. Conan espère ainsi retrouver les hommes en noir, et enfin redevenir lui même.