En l'an 200X, une troisième guerre mondiale débute. Les plus grandes villes furent la cible de bombardements nucléaires, dont Tokyo qui fut littéralement plongée dans les flammes de l'enfer. Depuis lors, un demi-siècle s'est écoulé, et le cratère formé par l'impact de la bombe est toujours contaminé et ainsi isolé du reste de la ville. On l'appelle communément le "Black Spot". Au centre du Black Spot est érigé le quartier général de l'industrie pharmaceutique Simeon, dirigée par Adam Arclight. Le conglomérat a la main-mise sur toute la population, parmi laquelle une résistance s'est levée pour lutter contre l'oppresseur. Adam n'hésite pas à envoyer des robots, les Testament, pour éliminer ces opposants. Parmi ces victimes se trouvent également des Needless, des humains ayant développé des pouvoirs suite à l'explosion nucléaire. Cruz, un jeune résistant dont la soeur, une Needless, se fait abattre par un Testament, est secouru in extremis par Blade. Une chasse dont le but sera d'éliminer Cruz et Blade va dès lors s'engager, mais ces derniers, accompagnés de Eve et de Gido, un scientifique, ne sont pas prêts de se laisser faire. La bataille est engagée...