L'histoire débute au XIIème siècle à Kyôto. Un vieil homme du nom de Dunstan se fait attaquer par des brigands alors qu'il transportait deux boîtes. Voulant se venger des nobles qui les ont dépouillés de leurs biens, les brigands menés par Yamato tentent de s'emparer de la marchandise qui devait être livrée à ces mêmes nobles.

Ils sont alors surpris de découvrir qu'à l'intérieur des boîtes se trouvent des pantins. Yamato et ses hommes apprennent qu'ils ne s'agit pas de simples pantins. Ils sont ce qu'on appelle des "Karakuridôji" représentant le Mal et le Bien ultimes. Les deux Karakuridôji, Vice et Ultimo, se réveillent et s'affrontent, Ultimo (représentant le Bien) prenant ainsi pour maître Yamato.

Neuf siècles plus tard à Tokyo Ouest. Un certain Yamato Agari accompagné d'un ami découvre par hasard chez un antiquaire un mystérieux pantin en vitrine. La seule chose qui lui