Nyarlathotep aussi surnommée Nyaruko est une divité symbolisant le chaos qui est arrivée sur terre avec l'apparence d'une jeune fille, elle fera la rencontre de Yasaka Mahiro en lui sauvant la vie et elle l'appréciera très vite. Cependant elle ne sera pas la seule extraterrestre à rentrer dans la vie du jeune homme qui deviendra bien vite perturbé...

L’histoire tourne autour de la divinité du chaos, Nyarlathotep, ayant pris forme humaine sous les traits de la jeune Nyaruko. Mahiro Yasaka est un lycéen ordinaire qui se retrouve pourchassé par des monstres près de l’école, c’est alors que Nyaruko le sauve. Une amitié des plus originales s’installe entre nos deux protagonistes.

Une nuit, Mahiro Yasaka est pourchassé par des extra-terrestres jusqu'à ce que Nyarlatotep ne la sauve. "Nyarlko" est une divinité Ctulhu sans forme qui peut prendre l'apparence de qui il désire, mais de préférence, celle d'une jeune fille aux cheveux argentés.