Ici sont présent les personnages de la série au temps moderne, où ils sont devenus des étudiants de l'Académie Francesca. Divisé en plusieurs groupe rivaux, il se lance des défis pour donner à celui qui gagnera la place de président du conseil des étudiants.Koumei, un nouvel étudiant transféré à l'Académie Francesca, est demandé par Kan à rejoindre son équipe pour aider à contribuer à sa victoire qui décidera de celui qui sera le président du conseil des étudiants.Koihime † Musou l'anime a été adapté du jeu d'adulte du même titre.

Il s'agit d'une version différente de l'histoire d'origine. On suit ici l'histoire de Aisha et de ses camarades de l'académie St.Francesca après que le combat entre tous les étudiants ait eu lieu. Elles se rendent donc sur une île située au sud pour prendre du bon temps après ces événements.