L’histoire est centrée sur Ganta Nakami, un étudiant insomniaque qui semble toujours épuisé lorsqu’il est en cours. Cette fatigue permanente lui vaut par ailleurs le fait d’être vu comme quelqu’un de particulièrement associable. Un jour, en salle d’astronomie, il rencontre Isaki Magari, une étudiante qui, comme lui, est insomniaque et qui faisait la sieste dans un coin de la pièce. Bien plus sociable que lui, la jeune femme l’invite à partager la salle de classe avec elle pour venir s’y reposer en cachette. Au fur et à mesure que les jours passent, leur rapprochement semble réussir à leur faire retrouver le sommeil, chacun étant sensible aux battements de cœur de l’autre…