Jun Tendo est un écolier ordinaire qui manque d'amour-propre et qui a du mal à s'imposer. Un jour, il est attaqué par une créature surnaturelle qui l'oblige à trouver refuge dans un temple bouddhiste. Il y rencontre Gen'un, un moine qui lui apprend qu'il est l’Élu destiné à sauver le monde de la menace des démons. Avant qu'il n'ait eu le temps de comprendre, Jun est envoyé plusieurs siècles en arrière dans le temps, à l'époque Heian.
Il y fera la connaissance de Raiko, un jeune soldat qui a pour but d'aider Jun dans sa mission. Et lors de sa première bataille, Jun parvient effectivement à réveiller et contrôler Orochi, le Dragon Millénaire. Mais ce n'est que le début de la quête de Jun...