L'histoire commence dans une ville en ruine, peu après la destruction de la planète, suite au terrible réveil d'une mystérieuse divinité. Mais sa résurrection ne peut être totale, tant que celui qu'on appelle « Dieu » n'a pas absorbé le « sang de Maria ». Au cœur de ce chaos, vit un mystérieux personnage, Shinichi, mi-homme mi-bête, dont le destin va se voir lié à une jeune fille qui n'est autre que la réincarnation de Maria ! Shinichi va alors entrer en guerre contre les généraux de Dieu pour sauver la jeune fille du terrible sort qui lui est réservé...

La fin du Nouveau Testament raconte la création d'un nouveau Paradis, et d'une nouvelle Terre. L'Apocalypse touche à sa fin... De sombres nuages planent au dessus de la nouvelle Babylone, Tokyo. D'inquiétantes vibrations arrivent... L'instant d'après, un séisme. La terre tremble, les grattes-ciel tombent les uns après les autres. La terre s'ouvre, et un intense magma rouge coule tel le sang. La guerre des Dieux va détruire la mégalopole... Après le terrible cataclysme sur terre comme au ciel, le Dieu Tout Puissant se réveillera-t-il pour amener la vie sur cette planète dans un nouveau siècle ? Mais la Terre vient juste de périr dans la bataille des Démons Bête, les "Majuu Zensen"... Pour accomplir la naissance et le réveil du Dieu, il manquait quelque chose : le sang africain disparu. Tokyo : Les buildings se réalignent sur l'horizon. Quelque part, une sino-américaine avec un grave problème au cœur, Ayaka Sanders, rêve qu'elle se fait dévorer par des hommes-bête. Et quand le cauchemar devient réalité, un gigantesque homme-bête, Shinichi, la sauve de ses agresseurs. Leur rencontre, ironiquement, sera le commencement de l'épique bataille entre Dieu et les Bêtes...