Chizuru est partie d'Edo pour rallier Kyoto, à la recherche de son père qui est venu dans cette ville il y a six mois et dont elle n'a plus de nouvelles. Presque arrivée à destination, elle est poursuivie par deux samouraïs. C'est alors qu'ils sont attaqués par deux hommes qui semblent possédés. Alors que l'un deux est sur le point de s'en prendre à elle, elle est sauvée par trois jeunes hommes qui s'avèrent faire partie du Shinsengumi. En discutant avec eux le lendemain, elle apprend qu'ils sont aussi à la recherche de son père. C'est ainsi qu'elle va rester sous la protection du Shinsengumi et spécialement du vice-capitaine Hijitaka, le temps que son père soit retrouvé.

Suite du film Hakuouki Movie 1 : Kyoto Ranbu. Après leur retraite lors de la bataille de Toba-Fushimi, le Shinsengumi se rend à Kôfu. Les combats et guerres intestines s'enchaînent rendant la situation difficile. Les membres du Shinsengumi contestent les décisions du commandement et décident de suivre leur propre voie... Chizuru choisi malgré tout de rester avec le Shinsengumi tout comme Hijikata. Mais leurs chemins vont-t-ils les éloigner l'un de l'autre ?