Edward et Alphonse Elric, prisonniers par les vagues du destin, continuent leur quête dans l'espoir qu'un jour, leurs âmes seront apaisées... Ainsi, ils vivront une nouvelle aventure pour leur rédemption, mais ce sera sans compter sur l'intervention d'un mystérieux groupe de personne voulant à tout prix les arrêter, avec quelques moyens que ce soit. Mais ils pourront compter sur leurs anciens alliés ainsi que de nouveaux.

Un étrange Loup-Garou, certainement une chimère fait son apparition ainsi qu'un mystérieux château. Ce film est annoncé via le 64ème épisodes de Fullmetal Alchemist Brotherhood, et les japonais auront droit à un ticket pour une avant première du film, qu'ils recevront dans le tome 27 du manga d'Hiromu Arakawa avec en plus, un porte-clé à l'effigie d'Edward Elric. Puis, les personnes ayant apporté le tome 27 du manga pendant la séance, se verront offrir une illustration et un timbre de Fullmetal Alchemist dédicacé par Hiromu Arakawa.