UC 0079, sur la Colonie Side 7, trois Mobiles Suits de Zeon, des Zaku II, entrent dans la Colonie pour y trouver la nouvelle arme de la Fédération, un certain Projet V. Une alerte est déclenchée visant à évacuer les civils de la Colonie. Parmi eux se trouve Amuro Ray, un jeune homme dont le père travaillait sur ce fameux projet V. Il verra allongée sur un camion la nouvelle arme de la Fédération : un Mobile Suit du nom de Gundam.

Narumi Takayuki, en dernière année au lycée Hakuryou ne se doute pas que Suzumiya Haruka est follement amoureuse de lui jusqu'au jour où Mizuki, la meilleure amie d'Haruka, arrange un rendez-vous entre eux. Takayuki, pas très emballé, a quelques difficultés à accepter cette relation mais au fil du temps, il commence à aimer Haruka. Alors que leur relation devient stable et qu'ils pensent avoir trouvé le bonheur, un tragique évènement vient briser cette relation...