Ninja Ryuukenden est une adaptation librement inspirée des jeux Ninja Gaiden.

Dans des temps lointains, un combat légendaire a opposé les Dieux des Dragons et les Dieux Maléfiques. Ces derniers ont le pouvoir de détruire l'humanité en un instant. Mais ce pouvoir a été scellé par ceux dont le sang des Dieux des Dragons coulent dans leurs veines.Ned Friedman, un scientifique, a annoncé depuis peu avoir trouvé un traitement médical révolutionnaire contre le cancer ce qui suscite l'intérêt des journalistes dont celui d'une en particulier, Sara. Mais elle se rend compte qu'une rumeur tenace prétend qu'il ne s'agisse en fait que d'une façade pour couvrir des expérimentations biotechniques illégales sur les humains et développer des armes bactériologiques et veux vérifier par elle-même.

Elle décide d'en parler à Robert, un ami détective privé.Ryu, un ninja Dragon, est lui aussi suspicieux. Il suspecte Friedman d'essayer de briser les sceaux emprisonnant les Dieux Maléfiques dans le but de récupérer leurs pouvoirs.Ryu, tout comme ses amis Robert et Jeffrey, décident de se rendre dans les installations de Friedman.