Chizuru Yukimura est toujours à la recherche de son père, sous la protection affermie des membres du Shinsengumi alors que le remède crée par son parent fait des ravages au sein de cette police spéciale. Le temps des Samouraïs semblant révolu, Chizuru se retrouve confrontée à son passé. En effet, ses souvenirs d'enfance commencent à refluer. La confrontation avec son frère jumeau dont elle renie encore, inconsciemment, l'existence semble inévitable.

Comme pour la série, nous suivons la jeune Yukimura Chizuru, fille d'un médecin travaillant à Edo. Un jour, celui-ci s'en va à Kyôtô en tant que médecin volontaire et promet à sa fille de lui écrire autant qu'il peut. Néanmoins, à un moment donné, Chizuru est sans nouvelles de lui depuis un mois. Inquiète, elle décide de partir à sa recherche à Kyôtô. Le soir de son arrivée, elle tombe sur des rônins qui se mettent à la pourchasser après une altercation entre eux. Se cachant dans une ruelle pour leur échapper, elle est alors témoin de leur meurtre par des créatures aux cheveux blanc et aux yeux rouges. Étant sur le point de se faire également tuer, et paralysée par la peur, elle se fait sauver par des jeunes gens en haori bleu : le Shinsengumi. Ayant vu quelque chose qu'elle n'aurait pas dû voir, le Shinsengumi l'emmène avec lui afin de décider de son sort. L'interrogeant sur ce qu'elle a vu, tous les membres du Shinsengumi se rendent compte qu'elle est la fille de l'homme qu'ils cherchent à tout prix à retrouver et décident donc de l'aider dans ses recherches. Pourquoi le Shinsengumi recherche-t-il cet homme?? Qui étaient ces hommes fous furieux aux yeux rouges??

Chizuru est partie d'Edo pour rallier Kyoto, à la recherche de son père qui est venu dans cette ville il y a six mois et dont elle n'a plus de nouvelles. Presque arrivée à destination, elle est poursuivie par deux samouraïs. C'est alors qu'ils sont attaqués par deux hommes qui semblent possédés. Alors que l'un deux est sur le point de s'en prendre à elle, elle est sauvée par trois jeunes hommes qui s'avèrent faire partie du Shinsengumi. En discutant avec eux le lendemain, elle apprend qu'ils sont aussi à la recherche de son père. C'est ainsi qu'elle va rester sous la protection du Shinsengumi et spécialement du vice-capitaine Hijitaka, le temps que son père soit retrouvé.