Yûma Tsukumo est un jeune garçon curieux, plein d'entrain et prêt à relever tous les défis. Son rêve : devenir champion de duel et décrocher les étoiles ! Un jour, alors qu'il livre un duel acharné contre Shark, un voyou de son collège, une mystérieuse créature fait son apparition...!

Yuma Tsukumo est un étudiant ambitieux qui est mauvais à la fois à l'école et en duel, mais que ne peut jamais refuser un défi. Un jour, lui et son amie Tori Mizuki découvre leur ami, Bronk Stone, se faire battre dans un duel contre Reginald "Shark" Kastle qui prend par la suite son deck. Quand Yuma lui tient tête, Reginald casse la clé qu'il a eu de ses parents et donne un coup de pied à une moitié de la clé qui part au loin, bien qu'il lui donne un chance de mettre son propre deck en jeu dans un duel pour récupérer le deck de Bronk. Remarquant un Yuma moins ambitieux mais voulant toujours se battre contre Reginald, Bronk arrive à récupérer la moitié perdue de sa clé et la lui rend. Le jour du duel entre Yuma et Reginald arrive, et la facultés amateur de duel de Yuma le mettent en désavantage contre le deck “Shark” (Requin) de Reginald. Alors que Yuma se défend contre les attaques de Reginald, sa clé se répare soudainement et il se retrouve devant une porte étrange, qu'il ouvre avec sa clé. À son retour dans le monde réel, Reginald est possédé et invoque le monstre Xyz, « Numbers 17 : Revise Dragon » (Numéro 17 : Dragon Léviathan), alors que Yuma est accueilli par un esprit mystérieux.

Yugi, un jeune garçon chétif et naïf réussit un jour à remonter le fameux Puzzle du Millénaire. À partir de ce moment-là, le destin de Yugi va devenir celui d'un être hors du commun. Le Puzzle lui a donné d'incroyables pouvoirs et l'a doté d'un double impitoyable : Yami Yugi, "Le Maître des Jeux!". Lorsque Maximillion Pegasus, l'inventeur du jeu Magic and Wizards apprend la défaite de Seto Kaiba face à Yugi, il décide de voler l'âme de Mûto Sugokoru, le grand-père de Yugi. Son but ? Contraindre Yugi à participer à un Tournoi de Duel de Monstres pour pouvoir s'emparer du Puzzle de Yugi !

Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden. Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran car, grâce à l'arrivée du jeune garçon. La domination des bleus est sur le point d'être renversée...

Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Turbo Duels » révolutionnant les duels dans 5D'S. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés Duel Runners. Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite. Ils sont appelés les déchets de Satellite par les habitants de Domino City. Un ingénieux duelliste de Satellite, Yusei Fudo, a construit son propre Duel Runner. Mais Jack Atlas, se refuse à être un déchet et rêve de devenir le roi des duels. C'est alors qu'un jour, l'assistant de Rex Goodwin : Lazar, vient proposer à Jack de devenir le roi des duellistes de New Domino City à la seule condition d'avoir comme passeport le Dragon Poussière d'Étoile de Yusei et son propre Dragon Rouge Archdémon. Jack fait un coup-monté à Yusei pour lui prendre son Duel Runner et son Dragon Poussière d'Étoile en se servant d'un de ses amis : Rally Dawson. Il lui dit qu'il a subitement disparu alors que c'est lui qui l'a mis à l'eau sur une barque pendant que la mer était agitée. Yusei arrive en Duel Runner, pose son Deck et nage pour sauver Rally tandis que Jack lui vole son dragon ainsi que son runner et s'en va vers son nouveau destin, celui d'être le Roi des Duellistes de New Domino City. Pendant que Jack combat pour devenir le Roi des Duels, Yusei et ses amis sont forcés de vivre à Satellite. Deux ans plus tard, Yusei veut récupérer son Dragon Poussière d'Étoile et met en place un stratagème pour s'échapper de Satellite, ainsi commence l'histoire...

Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux. Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique. L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.

In Den City, SOL Technologies created a VR space called "LINK VRAINS" where duelists can use avatars to duel. Yusaku Fujiki, also known as Playmaker, is a first year high school student who fights the Knights of Hanoi, a group of hackers, as he tries to find out the truth about the past. The Knights of Hanoi as well as SOL Technologies are seeking a mysterious AI program that Yusaku manages to capture.

Yu-Gi-Oh! SEVENS is the seventh Yu-Gi-Oh! anime series, and the sixth main spin-off series which began airing in Japan on April 4, 2020. As with all Yu-Gi-Oh! spin-offs, Yu-Gi-Oh! SEVENS introduces a new protagonist, Yuga Ohdo. It also features a new mechanic: Rush Duel, which uses a new version of a traditional Yu-Gi-Oh card as its counterpart.