Nous sommes en 2034. Cela fait 2 ans que le 'Major' Motoko Kusanagi a quitté la Section 9 et travaille à son compte, suite aux événements survenus lors de la saison 2 de Ghost in the Shell : Stand Alone Complex. Togusa est devenu le leader d'une équipe agrandie, toujours sous la tutelle d'Aramaki. Cette nouvelle Section 9 est confrontée à une série de suicides inexpliqués parmi les membres d'une junte militaire menaçant d'accomplir des actes terroristes dans le pays pour faire obstacle à un projet de loi du premier ministre. Leur enquête révèle bientôt l'implication d'un mystérieux hacker surnommé le Marionnettiste. Alors que Batou suit une piste, il croise le 'Major' qui lui donne un étrange conseil : "Tiens-toi à l'écart du Solid State". De son côté, la Section 9 découvre bientôt qu'un grand nombre d'enfants auraient été enlevés dans un but inconnu. Mais Kusanagi ne pourrait-elle pas être le Marionnettiste ? ...