Cette saison comprend les volumes 13 à 28 de l'édition originale.Joseph se rend au Japon pour retrouver son petit fils, Jotaro, qu’il n’a pas vu depuis des années. Ce dernier a développé d’étranges pouvoirs qu’il utilise pour se faire un nom chez les voyous. Joseph lui explique qu’il s’agit d’un Stand, une sorte de matérialisation de son esprit combatif, possédant des capacités propres à chacun. Après ces retrouvailles mouvementées, Joseph révèle à son petit fils que Dio, le terrible vampire qui s’était opposé à leur ancêtre, est toujours de ce monde et veut en découdre avec la lignée des Joestar...

L’histoire nous fait suivre les générations de la famille Joestar, dont chaque arc (partie) se concentre sur l’un des descendants qui possède des pouvoirs et livrant bataille contre ceux qui veulent dominer le monde.

Malgré un accoutrement s'apparentant à celui d'un délinquant, Jôtarô Kujo est un jeune lycéen qui depuis peu se sent affecté par d'étranges phénomènes. Suite à une altercation avec une bande de loubards, il se retrouve dans une cellule de prison dont il ne veut sortir, de peur de faire encore subir à autrui les effets néfastes de ce mal qui le touche. Son grand-père, Joseph Joestar, vient le dissuader de rester ainsi dans sa geôle et lui apprend que ce corps psychique d'une puissance redoutable qui jaillit de ses entrailles est en fait un Stand.