Taiki Kudo est un garçon en classe de cinquième qui aide ceux qui en ont besoin. Un jour, quand les réseaux digitaux se sont mis à dérailler, il a entendu la voix d'un Digimon nommé Shoutmon murmurant qu'il allait bientôt mourir. Cherchant à l'aider, Taiki obtient un digivice connu sous le nom d' Xros Loader' et lui, ainsi que ses amis Akari Hinomoto et Zenjirou Tsurugi, sont transférés dans le digimonde où ils rencontrent les alliés de Shoutmon: Ballistamon, Starmon et les Pickmons. En utilisant les pouvoirs de son digivice, Taiki peut aider ces Digimon à se digivolver et fusionner à volonté. Taiki et ses amis sont actuellement les seuls opposant de l'Empire Bagura.

Les "Digimon' sont les "Monstres Digitaux". Selon l'histoire, ils sont des habitants du "Digimonde", une représentation du réseau de communication de la Terre. Cette histoire est à propos d'un groupe constitué majoritairement de pré-adolescents, les "Enfants Élus" (DigiDestined dans la version anglaise), qui accompagnent des Digimon spéciaux nés pour défendre leur monde (et le nôtre) des forces maléfiques. Pour les aider à surmonter les épreuves les plus difficiles qu'ils trouveront dans chaque monde, les Digimon ont la capacité d'évoluer (Digivoluer). Durant ce processus, les Digimon changent d'apparence et deviennent bien plus fort, parfois changeant également de personnalité. Le groupe d'enfants en contact avec le Monde Digital change de saison en saison.

Le destin de Takato Matsuda, Ruki Matsuno, et Lee Jenrya est bouleversé lorsqu'ils font la rencontre de "Digimon" réel, issu du jeu de carte auquel ils jouent. Chacun des enfants, appelés aussi, "Digimon Tamers", ont des opinions très différents sur la façon dont les 'digimons" doivent être traités. Alors que d'autres digimons commencent à apparaître dans tout le Japon, ils mettent leur différence de côté pour reconduire les digimon dans leur monde. Yamaki, qui est à la tête d'une organisation secrète appelé Hypnos essaie d'éliminer tous les digimons.

Masaru, jeune écolier de 14 ans, ne perd jamais un combat. Il rencontre Agumon qui vient de s'enfuir de la DATS (une organisation secrète du Gouvernement). Après quelques fausses impressions, ils deviennent meilleurs amis. Avec Yoshino et Touma dans la DATS, Ils enquêteront sur des accidents variés concernant le Digi-World et les Digimons et en chercheront la cause.

Takuya est un jeune garçon qui rêve d'aventures. Après une énième dispute avec sa famille, il reçoit un mystérieux message lui indiquant qu'il peut commencer une nouvelle vie en montant dans un train qui ne va pas tarder à partir de la gare. Takuya, voulant fuir les remontrances de ses parents, monte dans le train qui l'emmène dans un nouveau monde inconnu, Le Digi World, un endroit rempli de créatures digitales appelées Digimon. Avec ses nouveaux camarades Izumi, Junpei, Tomoki et Kôji, ils découvrent qu'ils sont les Enfants Élus pouvant se transformer en l'un des Dix Guerriers Légendaires grâce à leur Spirit. Ils partent donc en quête des autres Spirit afin de combattre le digimon maléfique Cherubimon et ainsi ramener la paix dans le Digi World.