Seconde partie du film récapitulant la série TV. Il s'agit d'une version remastérisée comportant des scènes inédites.

Il y a 22 ans, un mystérieux phénomène sismique frappa violemment le district de Yokohama, le séparant définitivement du reste du Japon. C'est alors que l'on s'aperçut que le séisme avait eu des répercussions inattendues. Dans ce monde perdu, une partie des nouveaux nés commencèrent à développer des pouvoirs extraordinaires propres à leurs possesseurs. Yokohama devint une région chaotique à cause de ces humains mutés, connus sous le nom d'Alters. Une force de police spéciale, la HOLD, est chargée de contrôler tous les utilisateurs d'Alter de la Terre Perdue. En son sein, l'unité spéciale HOLY, composée d'utilisateurs d'Alter également, traque sans relâche les renégats ...