Dans le futur, les IS (Infinite Stratos) sont des exosquelettes ne pouvant être portées que par des femmes pour des compétitions ou le sport, leur utilisation ayant été interdite pour un usage militaire. Un seul homme au monde est également capable d’en porter, Ichika Orimura, et sa capacité pourrait bien changer le monde. Afin de le « protéger », celui-ci est envoyé à l’école IS, seule école au monde ayant pour but d’entraîner des pilotes au maniement des IS. Étant le seul homme au monde capable d’en porter, celui-ci n’aura bien sûr que des femmes pour camarades de classe…