La Traversée du Temps est un manga directement adapté du film d'animation du même nom, sorti en 2007. Makoto Konno est une jeune fille tout ce qu'il y a de plus ordinaire : élève en classe de première au lycée, elle mène une vie paisible au sein de sa famille et auprès de ses deux amis K?suke Tsuda et le nouveau, Chiyaki Mamiya. Un brin tête en l'air, et quelque peu garçon manqué elle ne pense qu'à une chose : s'amuser.

Cependant, le quotidien de ces trois jeunes fans de baseball se voit rapidement chamboulé lorsque Makoto se découvre un étrange pouvoir : celui de naviguer comme elle le désire dans l'espace temporel...