Fuyuki Hinata et la bande de Keroro étaient en train d'explorer un temple abandonné dans les montagnes de Machu Picchu au Pérou. Durant l'exploration, le groupe découvre une chambre cachée avec un énorme cristal bleu au beau milieu de la pièce, sur un stand avec une clé insérée à l'intérieur. Keroro fait pencher la clé, causant la pièce à activer une mystérieuse machine, ce qui fait vibrer le temple tout entier. Le sergent ne se serait pas douté que cela les mènerait vers une étrange aventure, sans compter une confrontation contre un double maléfique de lui-même !