Chibi Devil se focalise sur l'aventure d'une jeune fille très timide de 14 ans nommée Sawada Honoka. Elle est facilement soumise par ses camarades de classe. Les autres élèves ne se préoccupent pas d'elle et préfère la laisser seule. Elle n'a pas d'amies. Honoka ne croit pas en Dieu, les Anges et les Démons. Un jour, alors qu'elle se levait pour aller à l'école, elle découvrira un bébé-démon laissé sur son lit pendant la nuit. Elle découvrira que ce bébé est très spécial et devra s'occuper de lui à l'aide de ses deux seuls amis Kyou et Shin. Ce bébé est en effet très spécial et a des pouvoirs.