Cette saison comprend les volumes 29 à 46 de l'édition originale. Une nouvelle partie commence dans la saga JoJo's Bizarre Adventure, désormais Jotaro cède sa place à Josuke, un lycéen assez excentrique vivant dans une petite ville. Celui-ci possède un stand au pouvoir remarquable sans en connaître pour autant l’origine, car il ne sait rien de sa filiation. Jotaro vient alors rendre visite à son jeune « oncle », qui n’est autre que le fils de Joseph ; une menace pèse sur cette ville tranquille, et ils ne seront pas trop de deux pour s’en charger.