Passionnée par la course à pied, Hitomi serait une jeune lycéenne comme les autres si elle n'avait pas reçue le don de prémonition de sa grand-mère. Un jour, alors qu'elle court, elle est envoyée sur la mystérieuse planète Gaïa où elle rencontre le Prince Van Fanel. Transportée en plein dans son conflit contre l'Empire Zaïbacher, Hitomi va découvrir tout un monde magique où elle aura sa place...

Hitomi, une jeune lycéenne de 16 ans, fait un rêve récurrent dans lequel elle voit des êtres qui semblent faire partie d'un autre monde. Alors qu'elle participe à une séance mystique, la voilà tout à coup téléportée dans cet univers étrange, où elle reconnaît les personnages de ses songes ! Là, elle apprend qu'elle a été appelée pour que son esprit s'incarne dans le cristal énerghyste, source d'énergie du protecteur du royaume, l'impressionnant robot Escaflowne. Devenue à son corps défendant une pièce maîtresse dans la guerre qui oppose le royaume de Faërnélie à l'empire Zaïbach, Hitomi est destinée à vivre, près de l'impétueux prince Burn, de grandes aventures...

Il s'agit d'une version alternative de l'histoire de l'anime.Escaflowne, le dieu protecteur du Royaume de Fanélia, est aussi celui de la planète Gaea. En effet, lorsqu'un conflit ou une guerre est sur le point d'éclater, Fanélia intervient et apaise les tensions. La peur d'Escaflowne a ainsi permis de préserver la paix pendant longtemps mais, un jour, l'empire Zaibach décide de s'emparer du dieu et réduit le royaume en cendres. Après avoir vu son pays et sa famille périr dans les flammes, le jeune prince Van Fanel est envoyé sur Terre afin de retrouver le sceau d'Escaflowne. Un sceau qu'il trouvera, à sa plus grande surprise, au cou d'une jeune lycéenne prénommée Hitomi Hoshino.