Rune Balot est une jeune fille qui n'a pas eu une vie facile. Un jour, un homme du nom de Shell Septinos se présente à elle pour l'aider et la récupère. Seulement, plus tard, ce dernier lui tranche la gorge et explose la voiture dans laquelle elle se trouvait. Laissée pour morte, Rune est sauvée par le mystérieux docteur Easter qui l'a transformé en cyborg. Depuis, l'objectif de Rune est retrouver celui qui a tenté de la tuer.

Avant tout conçu comme une série d'OAV, le studio Gonzo, responsable du projet à l'époque, abandonna ce dernier. Aujourd'hui, ressorti de la poubelle, le projet sera diffusé en trois films dont "The First Compression" est le premier de la trilogie. La refonte de ce projet se verra surtout amputé de l'équipe à l'origine du projet comme Range Murata qui est remplacé par Shingo Suzuki pour le character-design. A la réalisation nous trouvons Susumu Kudo connu pour avoir travailler sur les série RahXephon et Blood+ mais aussi le film T. A. T. u Paragate. Mardock Scramble est considéré comme le nouveau souffle du genre « cyberpunk », dont l'univers glauque et complexe de Mardock City fait honneur aux canons du genre (Ghost in the shell, Blade Runner…). Adapté du roman de Tow Ubukata, ce dernier nous raconte l'histoire de Rune Ballot ne cherchant plus qu'a se venger de la personne l'ayant brulée vive. Rune Ballot était une jeune prostituée, mais qui se verra accordé une seconde chance grâce à un scientifique qui la ressuscitera.