Mato Kuroi rencontre pour la première fois l’intrigante Yomi Takanashi le jour de la rentrée des classes. Elle a flashé sur elle, et n’a qu’une idée en tête : devenir son amie. Cette attirance étant partagée, Yomi invite sa nouvelle camarade de classe chez elle. Alors que les deux jeunes filles se trouvent des points communs, une demoiselle en fauteuil roulant fait son apparition dans la chambre de Yomi. Il s’agit de Kagari Izuriha, son amie d’enfance, et celle-ci s’oppose farouchement à la nouvelle amitié qui naît entre les deux collégiennes. Mais au même moment, bien loin de ce monde paisible et coloré, dans un univers parallèle où règne le chaos, Mato et Yomi semblent se livrer un combat sans merci, et il pourrait bien s’agir d’un combat à mort… -Sara- -Animeka-

C’est la rentrée des classes. La jeune Mato Kuroi est désormais en première année au lycée. En allant à l’école ce matin-là, elle remarque une jeune fille, Yomi Takanashi, qui arrive en voiture. Elles se retrouvent dans la même classe, du coup Mato se décide à aller parler à Yomi et c’est ainsi que commence une très grande amitié entre les deux jeunes filles. Malheureusement, en deuxième année, elles se retrouvent dans des classes différentes, elles ne seront plus aussi souvent ensemble. Au même moment, dans un autre monde. Une jeune fille tout de noir vêtu possédant une flamme bleue à l’œil gauche, Black Rock Shooter, fait face à une autre jeune fille peu commode : Dead Master. Une bataille violente commence.