L'histoire se déroule après les événements d'Ocarine of Time. Link chevauche sa jument Epona à travers la forêt d'Hyrule, lorsqu'un étrange être les stoppe, et effraie la monture. L'étrange individu, du nom de Skull Kid, vole alors son Ocarina du Temps à Link, puis s'enfuie en courant. Dans sa course pour rattraper le voleur, le garçon chute dans un trou béant, et se retrouve bien vite sous l'emprise d'un maléfice jeté par le voleur, qui le change en une Peste Mojo, une créature de la forêt !

Link se retrouve alors téléporté vers une dimension parallèle, Termina, où il apprend que la Lune menace de s'écraser sur le monde ! Il dispose de trois jours, heure pour heure, pour trouver un moyen de stopper la Lune et retrouver Skull Kid...