Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans…

Kogorô Mouri reçoit à son agence de détective un coup de téléphone de la part d'un poseur de bombes laissant un message codé lui révélant l'emplacement des explosifs. Conan Edogawa parvient à déchiffrer l'énigme et à localiser la cible du terroriste, un stade de foot plein à craquer de spectateurs. Mais l'affaire ne s'arrête pas là puisqu'une lettre arrive bientôt chez Kogoro pour l'informer qu'un nouvel attentat se prépare. La police poursuit l'enquête, tandis que les investigations de Conan le mènent dans le milieu du football professionnel...