Depuis qu'elle est toute petite, Sasami possède des pouvoirs magiques. Mais, elle a promis à ses parents de cacher leur existence et donc de ne jamais les utiliser. Même ses amies ne sont pas au courant de son incroyable don. Le jour de la rentrée des classes, alors qu'elle rentre en CM2, Sasami découvre sa nouvelle maîtresse : Wajuu-sensei. Celle-ci semble connaître beaucoup de choses sur les pouvoirs magiques et à partir de ce jour, la vie de Sasami va beaucoup changer...

Le quotidien de Sasami a toujours été un peu insolite. Mais il le devient davantage encore lorsque celle-ci acquiert de mystérieux pouvoirs magiques, qui vont pouvoir lui permettre de faire ce qu'elle veut ! Naturellement, elle va vouloir s'en servir pour faire le bien mais sa maladresse ne lui rendra pas toujours service… Sans compter qu'elle a désormais quelques ennemis !

L'histoire se déroule à notre époque et débute dans la campagne japonaise où Tenchi Masaki, un jeune homme âgé d'environ 16 ans, vit avec son père et son grand-père. Sa vie est celle d'un étudiant des plus ordinaires jusqu'au jour où se produit un événement qui va bouleverser sa vie et va le plonger dans une lutte pour la survie d'un peuple d'un autre temps et d'une autre galaxie : un vaisseau spatial s'écrase non loin de sa maison. Notre étudiant se porte au secours de la rescapée, une jeune fille qui s'avère être une pirate redoutable et qui répond au doux nom de Ryoko. Cette dernière tombe aussitôt amoureuse de Tenchi. Mais à peine remis de ses émotions causées par cette jolie inconnue tombée du ciel, Tenchi voit débarquer un autre engin futuriste. C'est celui de la police intersidérale à bord duquel Mihoshi alias "miss catastrophe" débarque en s'écrasant et présente un mandat d'arrêt contre Ryoko. Arrive ensuite Ayeka, la princesse de la planète Juraï qui gouverne une lointaine galaxie et tombe également amoureuse de Tenchi. Sasami, la petite sœur de la princesse ne tarde pas à rejoindre son ainée pour la ramener sur Juraï. S'ensuit alors la naissance de Ryo-Ohki, l'enfant du vaisseau de Ryoko qui peut se transformer également en vaisseau, ainsi que le réveil d'un démon qui s'avère être une génie en technologie de pointe complètement déjantée : Washu. Et finalement, pour que l'équipe soit presque au complet, la partenaire de Mihoshi : Kiyone. Commencent alors les plus invraisemblables péripéties à travers des scènes d'action, des moments d'humour et des moments tendres telle la relation triangulaire entre Ryoko, Ayeka et Tenchi qui sera présente tout au long de l'animé. Qui aura donc le cœur de Tenchi et quelle sera sa destinée ?