RahXephon innonde un ciel obscur de sa lumière, des plumes semblent pleuvoir... Tous les passagers descendus du Lilia Litvyak, sur une base militaire insulaire, regardent le géant au loin... Y compris Watari, à qui Jumonji (qui a gardé Michiru) révèle, en l'appelant professeur Kamina, que le titan ailé qu'il voit n'est autre que son fils. Isshiki, de son côté, s'est échappé de sa cellule. Elvy apponte avec son Vermillon endommagé, à la figure de monstre, et demande son bon vieux Shinsei équipé d'un MTD pour mener une attaque contre les Dolem. Souichi, commandant des opérations, donne son accord. Mais une fois que la pilote a décollé, son navire est attaqué en traitre par un Mezzoforte...