Bien que les épisodes de cette série soient annoncés comme des OAV (dont les DVD sortiront en 2013 au Japon), ils seront également diffusés au cinéma au Japon. Le premier épisode a déjà été diffusé comme tel. En 2010 a.t.b. le Japon a cessé d'exister, vaincu par l'Empire Britannien. Le pays est alors devenu une simple colonie du nom de Zone 11. Certains Japonais, désormais connus sous le nom de Eleven, ont alors quitté leur pays dans l'espoir d'une vie meilleure. Certains sont allés jusqu'en Europe.En 2017 a.t.b., l'Empire Britannien s'intéresse de plus en plus à l'Europe. Mais l'élite de l'EU (Euro Union) tente encore de jouer un double jeu, et ne veut pas sacrifier trop de soldats dans le conflit, afin de ne pas mécontenter la population. C'est pourquoi le W-0 a été créé. Constitué quasi-exclusivement de jeunes japonais (notamment pour piloter les Knightmare), cette organisation lutte contre Britannia. A la tête de ce projet, la jeune Layla Malkal, originaire de Britannia, mais adoptée par la famille Malkal. Contrairement à la plupart des Européens, elle considère les Japonais comme des êtres humains comme les autres. Elle est d'ailleurs régulièrement protégée par l'un d'eux : Akito.

2017, l'empire de Britannia a conquit le Japon grâce à une nouvelle technologie, des robots de combats appelés "Knightmare". Le Japon perd son indépendance, le pays se fait désormais appeler : Area 11 et ses habitants : Elevens. Lors d'une altercation entre les rebelles et l'armée de l'empire, Lelouch, un jeune étudiant Britannien, fait la découverte d'une arme secrète qui n'est autre qu'une mystérieuse fille. Il obtient d'elle un étrange pouvoir qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Avec ce pouvoir il tentera de se venger de l'empire de Britannia, responsable selon lui de la mort de sa mère et du handicap de sœur. Il formera avec les rebelles japonais l'Ordre des chevaliers noirs qu'il commandera sous le nom de Zero.