Tout commence avec un match de football très attendu entre Inazuma Legend Japan et Shinsei Inazuma Japan. Tenma et Mamoru s'affrontent avec sérieux dans le stade Holy Road tandis que, de leur côté, Ban et ses amis sont à la poursuite d'un attroupement de LBX. L'armée de robot envahit alors le stade dans le but de tout détruire. Ne comprenant pas totalement la situation mais souhaitant agir, les joueurs de football tentent d'éliminer les nombreux assaillants venus du ciel, avec l'aide des LBXs de Ban et ses amis.

L'histoire de deux univers totalement différents qui s'unissent afin de lutter contre leurs ennemis. L'avenir du monde est entre leurs mains.