La fonte des glaciers au cours du XXIe siècle a submergé la surface de la terre ne laissant que quelques îles éparses. Dans cet univers post-apocalyptique les rescapés de la catastrophe sont confrontés à une nouvelle menace, celle des hybrides, des créatures génétiquement modifiées. C'est dans ce contexte que la Blue Fleet charge la jeune Mayumi Kino de recruter un ancien militaire pour combatre à leurs côtés. Mais Tetsu Hayami est un solitaire qui ne se laissera pas facilement convaincre...