Yuma Tsukumo est un étudiant ambitieux qui est mauvais à la fois à l'école et en duel, mais que ne peut jamais refuser un défi. Un jour, lui et son amie Tori Mizuki découvre leur ami, Bronk Stone, se faire battre dans un duel contre Reginald "Shark" Kastle qui prend par la suite son deck. Quand Yuma lui tient tête, Reginald casse la clé qu'il a eu de ses parents et donne un coup de pied à une moitié de la clé qui part au loin, bien qu'il lui donne un chance de mettre son propre deck en jeu dans un duel pour récupérer le deck de Bronk. Remarquant un Yuma moins ambitieux mais voulant toujours se battre contre Reginald, Bronk arrive à récupérer la moitié perdue de sa clé et la lui rend. Le jour du duel entre Yuma et Reginald arrive, et la facultés amateur de duel de Yuma le mettent en désavantage contre le deck “Shark” (Requin) de Reginald. Alors que Yuma se défend contre les attaques de Reginald, sa clé se répare soudainement et il se retrouve devant une porte étrange, qu'il ouvre avec sa clé. À son retour dans le monde réel, Reginald est possédé et invoque le monstre Xyz, « Numbers 17 : Revise Dragon » (Numéro 17 : Dragon Léviathan), alors que Yuma est accueilli par un esprit mystérieux.