Une énième épidémie mortelle se déclare dans le village maudit Hinamizawa.
Les derniers arrivants, moins immunisés que les résidents à faire face à ce virus, sont pointés du doigt comme étant les responsables de ce nouveau désastre. Les familles les plus puissantes et les plus anciennes du village vont alors donner l'ordre de les tuer, dans le but de calmer leur Dieu protecteur et ainsi leur assurer une bonne santé.