Ce spin-off prend place entre la première et la deuxième saison de l'anime Code Geass. L'histoire est relatée par deux points de vue différents. Celui d'Orpheus Zevon, un jeune terroriste, pilote du Knightmare Frame Byakuen qui est à la poursuite du meurtrier de sa chère et tendre. L'autre point de vue est celui d'Oldrin Zevon, une fille de l'Empire de Britannia et pilote du Lancelot Grail, un Knightmare Frame de l'unité anti-terroriste de l'Empire de Britannia, Glinder Knights. Ce qu'ils ignorent, c'est qu'ils se rencontreront sur le champ de bataille...

2017, l'empire de Britannia a conquit le Japon grâce à une nouvelle technologie, des robots de combats appelés "Knightmare". Le Japon perd son indépendance, le pays se fait désormais appeler : Area 11 et ses habitants : Elevens. Lors d'une altercation entre les rebelles et l'armée de l'empire, Lelouch, un jeune étudiant Britannien, fait la découverte d'une arme secrète qui n'est autre qu'une mystérieuse fille. Il obtient d'elle un étrange pouvoir qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Avec ce pouvoir il tentera de se venger de l'empire de Britannia, responsable selon lui de la mort de sa mère et du handicap de sœur. Il formera avec les rebelles japonais l'Ordre des chevaliers noirs qu'il commandera sous le nom de Zero.