Il fut un temps où il y avait des ninjas au service des gouvernements, embauchés pour des missions de renseignement, de destruction ou d’assassinat. Bien que les temps aient changé, la nécessité de recourir aux ninjas n’a pas disparu. Dans une école en particulier, des filles sont secrètement entraînées pour devenir Ninja. Asuka, Katsuragi, Hibari, Ikaruga, et Yagiyuu ont chacune un rouleau ancestral qu’elles protègent en tout temps. Leur vie scolaire n’est donc pas de tout repos.