L’histoire met en scène Riki Naoe, un lycéen plutôt réservé. Riki a perdu ses parents alors qu’il n’était qu’un enfant, ce qui le traumatisa. Cependant, un groupe de trois jeunes garçons et une fille se faisant appeler les Little Busters, ont réussi à sortir Riki de sa solitude. Depuis, il fait parti des Little Busters. Aujourd’hui, la deuxième année de lycée débute pour notre protagoniste et sa bande d’amis…