Naota, un jeune garçon sans histoire, vit une existence un peu morose dans une ville surplombée par une usine gigantesque et polluante, jusqu'au jour où une jeune fille le percute en Vespa. Cette dernière, bien loin de sembler désolée de son geste, assénera en plus sur la tête du pauvre Naota un formidable coup de basse après être descendue de son véhicule... Le cauchemar pourrait s'arrêter là mais, après s'être remis de ses émotions, le pauvre garçon découvre que la fille qui l'a si sauvagement agressé, Haruko, va habiter chez lui en tant que gouvernante ! Une nouvelle finalement assez peu effrayante lorsqu'on la compare au fait que, depuis qu'il a une blessure sur le front, Naota voit des choses lui sortir de la tête, et notamment un énorme robot...

L'histoire se déroule plusieurs années après les événements de la première saison. Cette suite sera diffusée sous forme de film au Japon et sous forme d'OAV de 6 épisodes en Occident. Le premier épisode est prévu pour le 2 juin 2018 en Occident. Alors que la guerre fait toujours rage entre Medical Mechanica et Fraternity, Haruko est de retour sur Terre. Nommée professeur dans un établissement scolaire, elle y fait la connaissance d'Hidomi, une adolescente dissimulant un étrange secret.