Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.

Haru, un garçon simple et naïf vit sur l'Ile Garage, un lieu paisible. Mais sa vie bascule le jour où il fait la rencontre de Shiba, un vieil homme à la vie mouvementée qui lui annonce qu'il est le successeur de Rave, le seul à pouvoir détruire les Darks Brings, des pierres maléfiques capables de mettre à feu et à sang la planète. Haru est accompagné de Plue, le porteur de Rave et de son énorme épée, la Ten Commandments. Il quitte l'île Garage pour aller trouver les Rave restants et anéantir Demon Card, l'organisation qui veut s'approprier les Darks Brings pour avoir le pouvoir. Mais Haru arrivera-t-il à triompher ?