Lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique commet un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appelle Twin X provoque un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d’électricité. Quelques années après, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, se retrouvent convoités par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde. Conduits à l'hôtel Providence, ils rencontrent la comtesse Werdenberg dont l'objectif est de détruire les Gilgamesh, ces étranges personnes rencontrées par Tatsuya et Kyoko dans la masure, avec leur aide et celle des trois autres adolescents...