An 2010. Un gigantesque cataclysme balaye le monde. Les 2/3 de l'humanité périssent dans cette dramatique catastrophe. Le Japon constitue une zone économique spéciale et commence la reconstruction sous la tutelle des Logos. L'écart se creuse entre les classes aisées et les plus pauvres de l'archipel. Ces derniers sont appelés Revenus et sont la plupart du temps chassés hors des murs de la zone reconstruite.

An 2035. Deux opposants au régime hégémonique des Logos, Katsuragi Jo et Tsurasawa Hitoshi, tentent d'échapper aux forces spéciales du nom de Phantom. Ils s'enfuient avec une mystérieuse jeune fille du nom de Noto Sana au centre de nombreuses machinations...