L’histoire tourne autour de la divinité du chaos, Nyarlathotep, ayant pris forme humaine sous les traits de la jeune Nyaruko. Mahiro Yasaka est un lycéen ordinaire qui se retrouve pourchassé par des monstres près de l’école, c’est alors que Nyaruko le sauve. Une amitié des plus originales s’installe entre nos deux protagonistes.