Alors qu'Afro, reclus dans un monastère abandonné, tente de se racheter des crimes qu'il a commis, il est rattrapé par son passé, en la personne de Sio. Cette femme dangereuse et magnifique, aidée d'un Kuma revenu d'entre les morts, vole le bandeau de numéro 1 à Afro. Expliquant qu'elle vient se venger de lui, elle subtilise aussi les restes de son père, afin de le ressusciter et de lui faire subir milles supplices. Une seule solution : retrouver le bandeau de numéro 2 et venir affronter Sio, comme l'exige le code des samurais. Avec son alter ego Ninja Ninja, Afro repart donc sur la voie du démon, en quête des bandeaux maudits. Un seul but : empêcher que son père ne meurt une seconde fois, et ce, quel qu'en soit le prix...

"Afro Samurai" se déroule dans un Japon futuriste dans lequel un samouraï noir cherche à se venger de la mort injuste de son père. "Afro" est un guerrier qui va rencontrer sur son chemin quantité d'ennemis, d'amis et de challenges au delà de toute imagination.