En 2031, suite à un accident, un paquebot de croisière fit naufrage dans le Pacifique entraînant la disparition des 3511 personnes qui étaient à son bord. A partir de ce moment là, on découvrit que certaines espèces subissaient des mutations et commençaient à se multiplier sur l’ensemble du globe. L’humanité leur donna pour nom « Hadians ».
La N.I.D.F est une organisation qui fut créée afin de comprendre ce phénomène et de préparer une éventuelle défense au cas où les Hadians deviendraient agressifs. Après une étude minutieuse, les scientifiques laissèrent présager l’existence d’un artefact : le «Livre des Morts » qui serait lié aux mutations et représenterait l’unique rempart pour se défendre. Vingt ans après l’accident maritime, alors que Yuno, chef de la section scientifique de la N.I.D.F est sur le point de mettre la main sur l’artefact, une armée de moustiques accompagnée de plusieurs Hadians gigantesques détruisent Tokyo. La N.I.D.F envoie ses pilotes pour contrer la menace mais ils semblent impuissants face à celle-ci. Une bataille où se jouera la survie de l’humanité est alors lancée...