Young GTO est la jeunesse d'Eikichi Onizuka (personnage principal de GTO) et de son meilleur ami Ryuji Danma. Ils sont encore au lycée mais ont déjà formé leur duo de choc l'Onibaku Combi ("combi" pour duo et "oni" de Onizuka, qui signifie démon et "baku" pour danma, parce que "bakudan" signifie bombe, autrement dit : le "duo démon-bombe"). À peine arrivés dans leur nouvel établissement, ils sont déjà les caïds et maîtrisent "facilement" leurs senpaï (aînés). Mais d'autres aventures attendent nos héros, des combats mais aussi des histoires de coeur...

Ryuji Danma s'est une fois de plus fait renvoyer de son lycée pour bagarre... Il se retrouve alors dans une nouvelle école, et remarque dès le départ un dénommé Eikichi Onizuka, un as de la baston, ce qui lui correspond assez. Étant dans la même classe, les deux yankees se défient ! En effet, Eikichi Onizuka, le boss du lycée, et Ryuji Danma, le nouveau loubard des lieux, vont se faire face ! Cette histoire se passe bien avant le début du manga Great Teacher Onizuka. Un spin-off de Bad Company est disponible dans le tome double 13 des éditions France Loisirs.

Ancien voyou, chef de gang, Eikichi Onizuka décide un jour de devenir prof. Sa vocation n'a rien de pédagogique. Ce qu'il veut, c'est pouvoir sortir avec les étudiantes du lycée où il travaille. Pourtant, au fil des épisodes, on se rend compte que le sens de la justice et de l'honneur de notre héros vont l'amener à devenir un véritable enseignant.