Certaines familles puissantes possèdent des pouvoirs issus des éléments leur permettant de lutter contre les démons. Cette magie détenue par des humains est le résultat d'un contrat les liant aux seigneurs des esprits. La famille du jeune Kazuma Kannagi est depuis 300 ans spécialisée dans la maîtrise du feu (technique d'En-jutsu). Toutefois, ce dernier n'ayant aucun talent dans ce domaine, il est battu, sans effort, par sa cousine Ayano Kannagi lors de la cérémonie de succession. La jeune Ayano se voit remettre l'épée sacrée du feu "Enraiha" tandis que Kazuma s'exile, renié par son père pour son incapacité à user de l'En-jutsu.

L'histoire débute 4 ans après cet événement. C'est le retour de Kazuma ! Durant ce laps de temps, il s'est initié à l'art du vent (technique de Fu-jutsu). Sa maîtrise est telle qu'il est devenu un contractor (et de ce fait un Kaze no stigma). L'esprit du vent lui ayant confié le contrôle de l'air.
Suite à son retour, des morts mystérieuses surviennent parmi les membres du clan Kannagi. L'intrigue commence donc à se nouer. Une atmosphère de vengeance et de pouvoir se dévoile. Est-ce celle de Kazuma ? Ou bien, la réminiscence de haines issues du passé ? Ayano acquerra-t-elle le pouvoir suffisant pour devenir digne héritière du clan Kannagi ? Et quelle est cette mystérieuse détective enquêtant sur les phénomènes liés aux jutsu ?