L'histoire débute alors que des naufrages se produisent fréquemment autour des fosses sous-marines. Une mystérieuse nation qui se fait appeler l'Empire de l'Océan qui semble en être à l'origine, revendique la possession des ressources sous-marines. L'océanologue Oki, est envoyé avec son petit-fils Goro en exploration à bord d'un bathyscaphe, afin d'en apprendre plus. Mais il disparaît au cours de la mission. Susumu, l'autre petit-fils du professeur, découvre alors que son grand-père travaillait sur la construction d'un sous-marin ultra-sophistiqué fonctionnant grâce à une énergie propre, appelée énergie "L". A bord de ce sous-marin révolutionnaire, Susumu va tenter de retrouver son grand-père et son frère...