Akira Nikaido est un élève du secondaire quelque peu paresseux, qui croit avoir une vie normale et ennuyeuse. Un jour un homme mystérieux appelé Shirogane apparaît de façon assez inattendu et lui demande d'aller à l'école la nuit. Au début il le prend pour un pervers et il est sceptique, mais il y va quand même... Ils sont alors attaqués par des monstres ombres (les kokuchis) Shirogane le convainc que l'équilibre entre le monde humain et le monde de l'ombre a été déformé, et qu'Akira doit devenir un Shin (une créature du monde de l'ombre donc devenir comme Shirogane) afin d'aider à rétablir cet équilibre. Suite au combat Akira veut des explications mais ceci ne va pas être si simple d'en avoir... .