Surprise au Pokémon Game Show, cet épisode spécial de l'anime Pokémon, Pokémon The Origin, sera unique et servira de prélude au début de la nouvelle saison de l'anime consacré aux jeux Pokémon X et Y qui sortent eux le 12 octobre à l'international.

A l'époque où les contes de fées n'étaient que Légendes, dans la lointaine région de Kanto, vivent de mystérieuses créatures dotées par les Dieux : les Pokémons.

Chacune dotée d'un Talent et de pouvoirs propres, elles vivaient en harmonie et mansuétude avec l'humanité.

Ainsi, dans cet univers plein de magie, apparaît le Professeur Chen, établit dans le tranquille village du Bourg-Palette et éminent chercheur Pokémon, qui explique son travail de chercheur où il désire recenser et analyser tous les Pokémon, ces étranges créatures, existant dans Kanto, et peut-être ailleurs.

C'est pour accomplir ce rêve de toute une vie qu'il confit à deux jeunes garçons de même âge, aux cœurs purs et innocents, la tête pleine de rêves, Red et Green, le Pokédex, un bijou de technologie enregistrant toutes les données sur les Pokémon rencontrés.Red, garçon d'une dizaine année vivant au Bourg-Palette, la tête pleine de rêves, désire parcourir la terre entière s'il le faut pour devenir le Maître Pokémon et le meilleur Dresseur.

Le Professeur Chen leur donne, suite à un petit incident, qui est sortir du village sans la bienveillante protection d'un Pokémon, au choix un des trois Pokémon de départ en sa possession : Bulbizarre, Salamèche et Carapuce.

La Légende rapporte que Red aurait choisi Salamèche tandis que Green, son meilleur ami et rival aurait pris Carapuce.

Les deux amis deviennent ainsi rivaux et entrent en compétition pour savoir qui des deux est le meilleur Dresseur.

Ainsi accompagné de son Starter, son premier Pokémon et ami, que Red s'élance sur la route parsemée d'embûches, où amitié, rivalité et courage croiseront le fer, qui le mènera vers les sommets de la Ligue et peut-être plus encore.